植物食や血液食以外のコウモリは、他の動物を食べる捕食者です。といっても小動物を食べる肉食コウモリは少数派ですから生態系への影響力は小さいでしょう。大きな影響力をもつと思われるのは、食虫性コウモリです。メキシコオヒキコウモリはよくテレビ番組などででてくるように大コロニーを作りますが、２０００万頭いるとひと夏に一万三千トンの昆虫を食べるとか。
しかし、コウモリを大量駆除したときに昆虫が増加したという記録はあっても、関連性を科学的には証明するのは難しいようです。稲を食べるスズメを徹底的に駆除したら、稲につく虫が増えたというのは、中国でしたよね。