日本ではこれまでに37種のコウモリが記録されている。国内では齧歯類を抜いて最も種数の多いグループである。ただし中には数例しか記録がないものもあり、絶滅の危機に瀕しているものも多い。
オオコウモリ科 Pteropodidae
オオコウモリ属
クビワオオコウモリ（口永良部島〜八重山諸島） Pteropus dasymallus Temminck, 1825 ダイトウオオコウモリPteropus dasymallus daitoensis エラブオオコウモリPteropus dasymallus dasymallus オリイオオコウモリPteropus dasymallus inopinatus ヤエヤマオオコウモリPteropus dasymallus yayeyamae
オキナワオオコウモリ（EX）Pteropus loochoensis Gray, 1870
オガサワラオオコウモリ（小笠原諸島）日本固有種 Pteropus pselaphon Lay, 1829
キクガシラコウモリ科 Rhinolophidae
キクガシラコウモリ属
キクガシラコウモリ（北海道〜九州） Rhinolophus ferrumequinum Schreber, 1774
コキクガシラコウモリ（北海道〜奄美諸島）日本固有種 Rhynolophus cornutus Temminck, 1834
オキナワコキクガシラコウモリ（沖縄本島〜宮古島）日本固有種 Rhinolophus pumillus Andersen, 1905
ヤエヤマコキクガシラコウモリ（八重山諸島）日本固有種 Rhinolophus perditus Andersen, 1918
イシガキコキクガシラコウモリ（石垣島）
イリオモテキクガシラコウモリ（西表島）Rhinolophus imaizumi
カグラコウモリ科
カグラコウモリ属 Hipposideros
カグラコウモリ（八重山諸島）日本固有種 Hipposideros turpis Bangs, 1901
ヒナコウモリ科
クビワコウモリ属 Eptesicus
クビワコウモリ（本州）日本固有種 Eptesicus japonensis Imaizumi, 1953
キタクビワコウモリ（北海道）Eptesicus nilssonii Keyserling & Blasius, 1839
ヤマコウモリ属 Nyctalus
ヤマコウモリ（北海道〜九州 沖縄島でも記録有り 近畿以西での記録は少ない） Nyctalus aviator Thomas, 1911
コヤマコウモリ（青森・岩手・福島・栃木・長野）日本固有種 Nyctalus furvus Imaizumi & Yoshiyuki, 1968
アブラコウモリ属 Pipistrellus
アブラコウモリ（北海道〜八重山諸島） Pipistrellus abramus Temminck, 1840
モリアブラコウモリ（本州、四国）日本固有種 Pipistrellus endoi Imaizumi, 1959
オガサワラアブラコウモリ（EX） Pipistrellus sturdeei Thomas, 1915
チチブコウモリ属 barbastella
チチブコウモリ（北海道〜本州、四国） Barbastella darjelingensis Hodgson, 1855
ウサギコウモリ属 Plecotus
ニホンウサギコウモリ（北海道〜九州）日本固有種 Plecotus sacrimontis G.M.Allen, 1908
オオアブラコウモリ属 Hypsugo
クロオオアブラコウモリ（北海道、青森、対馬） Hypsugo alaschanicus Bobrinskii, 1926
クロオオアブラコウモリ（北海道、青森） Pipistrellus savvi velox
コウライオオアブラコウモリ（対馬） Pipistrellus corrensis
ヒナコウモリ属 Vespertilio
ヒメヒナコウモリ（北海道・青森県） Vespertilio murinus Linnaeus, 1758
ヒナコウモリ（北海道〜九州） Vespertilio sinensis Peters, 1880
ホオヒゲコウモリ属 Myotis
クロアカコウモリ（対馬） Myotis rufoniger Tomes, 1858
カグヤコウモリ（北海道〜本州） Myotis frater Allen, 1923
ウスリホオヒゲコウモリ（北海道）Myotis gracilis Ognev, 1927
ヒメホオヒゲコウモリ（北海道〜本州） Myotis ikonnikovi Ognev1912
エゾホオヒゲコウモリ（北海道） Myotis yezoensis
ヒメホオヒゲコウモリ（北海道洞爺湖） Myotis ikonnikovi
フジホオヒゲコウモリ（東北、富士山） Myotis fujiensis
オゼホオヒゲコウモリ（尾瀬） Myotis ozensis
シナノホオヒゲコウモリ（長野） Myotis hosonoi
モモジロコウモリ（北海道〜九州奄美諸島）Myotis macrodactylus Temminck, 1840
ノレンコウモリ（本州〜九州） Myotis bombinus Thomas, 1906
ドーベントンコウモリ（北海道）Myotis petax Hollister, 1912
クロホオヒゲコウモリ（本州〜九州）日本固有種 Myotis pruinosus Yoshiyuki, 1971
ヤンバルホオヒゲコウモリ（奄美諸島〜沖縄本島）日本固有種 Myotis yanbarensis Maeda & Matsumura, 1998
テングコウモリ属 Murina
テングコウモリ（北海道〜九州） Murina hilgendorfi Peters, 1880
リュウキュウテングコウモリ（奄美諸島〜沖縄本島）日本固有種 Murina ryukyuana Maeda & Matsumura, 1998
クチバテングコウモリ（対馬）Murina tenebrosa Yoshiyuki, 1970
コテングコウモリ（北海道〜九州）Murina ussuriensis Ognev, 1913
ユビナガコウモリ科 Miniopteridae
ユビナガコウモリ属 Miniopterus
ユビナガコウモリ（本州〜九州） Miniopterus fuliginosus Hodgson, 1835
リュウキュウユビナガコウモリ（奄美諸島〜八重山諸島）日本固有種 Miniopterus fuscus Bonhote, 1902
オヒキコウモリ科 Molossidae
オヒキコウモリ属 Tadarida
オヒキコウモリ（北海道〜九州）Tadarida insignis Blyth, 1861
スミイロオヒキコウモリ（口永良部島、奄美諸島）Tadarida latouchei Thomas, 1920
＊（EX）は環境省第4次レッドリスト（2012）により絶滅種とされている種。
参考文献
The Wild Mammals of Japan Second edition