今では古い？、「オオコウモリと小コウモリ」という考え方
このホームページを始めた頃は、コウモリ目Chiropteraは大翼種亜目（オオコウモリ）Megashiropteraと小翼手亜目（小コウモリ）Microchiropteraに分かれるDobson(1875）という考えが定番だったけど、最近の分類学の変遷はめざましい。現在ではDNAや形態の系統学的解析から大翼種亜目と小翼手亜目という言い方はもうしないけど、じゃあコウモリ目の下位、科の上位をどのように分けるかという問題で、大多数の学者が一致する見解はないといっていい。なのでこういう考え方があるという例だけを紹介したいと思う。ちなみに現在多くの人がコウモリの分類や種数を提示する際に使っているMammal
Species of the World 第三版は、コウモリ目の下は直接科にしている。しかしこの科にしてもホオヒゲコウモリ科を二つに分ける案もあり、さらにはその２つの分け方についてもいくつかの案があるようで一致しない。
１９８０年代から、１世紀以上前からのこの伝統的な分け方に異論が相次いだオオコウモリは小コウモリとは別の進化をしたもので類人猿に近縁だという説も出た。Smith and Madkour(1980) Pettigrew(1986)
Koopman(1984)はYinochiroptera(Hipposideridaeカグラコウモリ科, Rhinolophidaeキクガシラコウモリ科, Craseonycteridaeブタバナコウモリ科,
Pteropodidaeオオコウモリ科)とYangochiroptera(その他のコウモリ）に分けることを提案した。その後Springer et al.(2001)では多少訂正があってYinochiroptera()とYinpterochiropter()に分けた。その後どの科をどちらのグループに分類するかはいろいろ変わったので、混乱を避けるためにHucheon and Kirsch(2006)は新しくPteropodiformes(Pteropodidae, Hipposideridae, Thinolophidae, Megadermatidae, Rhinopomatidae, Craseonycteridae)とVespertiloioniformesという名前を提案した。今のところ決定的なバージョンはないようだ。
ただ、オオコウモリがどのコウモリと近縁かは別として、オオコウモリがオオコウモリ科であることはかわらないから「オオコウモリ」という言葉はこれからも使用できる。オオコウモリと小コウモリという言い方がしにくくなっただけで。（オオコウモリとその他といえばいいのか）
コウモリの祖先は誰？近縁なのは誰？
コウモリはかつてトガリネズミなどの食虫類やヒヨケザルや類人猿に近いと言われてきた。ここ数年でさまざまな哺乳類グループの遺伝子解析がすすみ、今ではコウモリはローラシア獣類Laurasiatheriaに属することでほぼ一致している。さらにはローラシア獣類の中でコウモリに近いのはPerissodactyla（馬、サイ、バク）、食肉類（犬、猫ほか）、Cetartiodactyla（クジラ、イルカ、羊、牛など）だという。食虫類もローラシア獣類なのだが、このグループの中では最もコウモリからは遠いという。ヒヨケザルや類人猿はローラシア獣類には入らない。(Prasad et al . 2008）
The Australasian Bat Society Newsletter 32(2009):39-40のMega Micro, Yino Yango;what's going on? And who do bats relate to now? by Terry Reardonを参考にした。
更に興味がある方のための参考文献
コウモリの亜目の分け方について
Dobson, G.E. 1875. conspectus of the suborders, families and genera of
Chiroptera arranged according to their natural affinities, Annals and Magazine
of Natural History 16:345-357
Eick, G.N,. Jacobs, D.S. and Mathee, C.A.2005. A nuclear DNA phylogenetic
perspective on the evolution of echolocation and historical biogeography
of extant bats (Chiroptera). Moleculra Biology and Evolution 22:1869-1889
Hoofer, S.R.., Reeder, S.A., Hansen, E.W.., Van Den Bussche, R.A. 2003
Molecular phylogenetics and taxonomic revision of the infraorder Yangochiroptera(Chiropteran:
Mammalia). Journal of Mammalogy 84:809-821
Hutcheon, J.M. and Kirsch, J.A.W. 2004. Camping in a different tree: results
of molecular systematic studies of bats using DNA-DNA hybridization. Journal
of Mammalian Evolution 11: 17-47
Hutcheon, J.M. and Kirsch, J.A.W. 2006. A moveable face: deconstructing
the Microchiroptera and a new classification of extant bats. Acta Chiropterologica
8(1): 1-10
Koopman, K.F. 1984. A synopsis of the families of bats, Part VII. Bat REsearch
News 25: 25-29
Pettigrew, J.D. 1986. Flying primates? Megabats have the advanced pathway
from eye to midbrain. Science 231: 1304-1306
Smith, J.D. and Madkour, G. 1980. Penial morphology and the question of
chiropteran phylogeny. Pp. 347-365 in Proceedings of the Fifth International
Bat REsearch Conference (D.E. Wilson and A.L. GArdner, eds.) . Texas Tech
University Press, Lubbock.
Teeling, E. C., Scally, M., Kao, D.J., Romagnoli, M.L., Springer, M.S.
and Stanhope, M.J. 2000. Moledular evidence regarding the origin of echolocation
and flight in bats. Nature 403: 188-192.
哺乳類の中の進化について
Murphy W.J., Pringle, T.H., Crider, T.A., Springer, M.S. and Miller, W.
2007. Using genomic data to unravel the root of the placental mammal phylogeny.
Genome Research 17: 413-421
Prasad, A.B. and Allard, M.W., NISC Comparative Sequencing Program and
Green, E.D. 2008. Confirming the phylogeny of mammals by use of large comparative
sequence data sets. Molecular Biology and Evolution 25(9): 1795-1808